Logran en Galicia secuenciar la Covid en muestras de aguas residuales

El Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), a través del Instituto de Investigaciones Marinas (IIM) de Vigo, ha logrado, en el marco del proyecto DIMCoVAR, la secuenciación del virus SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales.

Este “hito”, destaca el CSIC en un comunicado, corresponde al grupo de Inmunología y Genómica del IIM, dirigido por Antonio Figueras y Beatriz Novoa, que tras un año de trabajo empleando técnicas de secuenciación masiva ha detectado las mutaciones del SARS-CoV-2 que están circulando en tres localidades gallegas seleccionadas de las 15 objeto de seguimiento: Baiona, Noia o Melide.

Este logro permite conocer el pool de virus que circula en cada zona, así como identificar tanto las mutaciones más frecuentes como las asociadas a variantes de riesgo.

“Desde que se detectó el material genético del virus en muestras de heces de pacientes infectados, ha habido un interés a nivel internacional por la monitorización del SARS-CoV-2 en aguas residuales”, destacan Figueras y Novoa.

En un primer momento, el grupo de investigación intentó secuenciar las muestras de agua que habían dado resultados positivos mediante PCR con un elevado número de copias de genes virales, pero, “dado que el virus se halla muy fragmentado en las muestras de aguas residuales, la secuenciación no resulta fácil”, explican.

Por ello, desde el pasado septiembre, el grupo apostó por la aplicación de distintas metodologías para la secuenciación de las muestras y ahora, aplicando técnicas de secuenciación masiva más sensibles y que requieren poca cantidad de material genético, ha obtenido millones de secuencias de SARS-CoV-2.

“El conseguir detectar las mutaciones que están circulando en una localidad es muy valioso para identificar variantes. Hay que tener en cuenta que en las aguas residuales se concentra todo, incluso los virus de personas asintomáticas que no acuden al hospital. De ahí su importancia”, señala Figueras.

Según los resultados de su trabajo, en las localidades de Noia y Melide “las mutaciones detectadas son compatibles con la variante española y europea, mientras que en Baiona destacan las compatibles con la británica, sudafricana y brasileña”, explica Novoa.

“Dado que la mayoría de estas mutaciones se hallan en el gen que da lugar a la proteína Spike, que interactúa con los receptores celulares, se trata de mutaciones con implicaciones funcionales en el virus e interés clínico”, añade.

“Necesitamos secuenciar más, pero ya nos sorprende la cantidad de mutaciones que se encuentran en localidades como Baiona, con una prevalencia abrumadora de la variante británica, con mutaciones únicas que la definen; así como de mutaciones compartidas entre diversas variantes de preocupación entre las que se encuentran la británica, sudafricana, brasileña y otras”, apunta Antonio Figueras.

El grupo de investigación también ha comparado estas secuencias con 500 genomas de SARS-Cov-2 secuenciados en pacientes clínicos gallegos.

Esto ha derivado en la detección de mutaciones compartidas en las muestras de aguas residuales y pacientes de COVID-19, así como otras que no se habían detectado en personas afectadas por la enfermedad desde el inicio de la pandemia.

Este trabajo permitiría la detección de nuevas mutaciones que pudiesen ser “peligrosas” de una forma más prematura.

“Todo ello reafirma la importancia de la monitorización de las aguas residuales para el seguimiento de las nuevas mutaciones del virus que puedan surgir”, concluyen desde el CSIC.

El proyecto DIMCoVAR cuenta con la implicación, además del CSIC, de la Universidad de Vigo (UVigo) y la empresa Geseco Aguas.

Abarca el análisis de la presencia de material genético de virus SARS-CoV-2 en las aguas residuales de 15 estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR) de Galicia, así como en los puntos de vertido de las EDAR en medio marino: Baiona, Nigrán, Gondomar, Cambados, Moraña, Puerto de Son, Muros, Melide, Ares, Cedeira, Noia, Pobra do Caramiñal, Betanzos, Viveiro y Burela.

La participación del CSIC, a través del IIM y, concretamente, de los grupos de investigación “Inmunología y Genómica” e “Ingeniería de Procesos” consiste fundamentalmente en la detección del material genético del virus por PCR y en el desarrollo del modelo epidemiológico en base a los resultados de los análisis.

La participación de la UVigo se corresponde al grupo de “BiotecnIA: Biotecnología Industrial e Ingeniería Ambiental”.