En la madrugada del miércoles del 16 de noviembre 1989, un grupo de unos 30 hombres armados y vestidos de militar irrumpieron en el campus de la Universidad Centroamericana (UCA) de El Salvador. El toque de queda solo permitía moverse con libertad al Ejército. Se dirigieron a la residencia de los profesores y, a medio vestir, sacaron al patio a Ignacio Ellacuría, Ignacio Martín Baró, Segundo Montes, Juan Ramón Moreno, Amando López y Joaquín López López. Todos salvo Joaquín, españoles. Allí los obligaron a tumbarse boca abajo en la tierra. Les dispararon a la cabeza con balas explosivas.
Doña Elba y Celina, su hija de 15 años, que trabajaban en la Residencia fueron testigos involuntarios del crimen. Murieron abrazadas, cosidas a balazos. La masacre duró media hora, pero los militares se ‘entretuvieron’ más de tres horas en el recinto universitario. No solo robaron dinero y aparatos de sonido y vídeo, quemaron parcialmente la residencia de los jesuitas.
El Estado Mayor de El Salvador, concretamente el general René Ponce ordenó asesinar a Ellacuría. Su crimen, denunciar la continua violación de los derechos humanos en este país centroamericano. el jesuita tomó el relevo a Monseñor Óscar Arnulfo Romero, también asesinado durante una eucaristía, en las denuncias contra la dictadura militar.
Una voz incómoda para los ‘milicos’ que lo desterraron del país. Pero el religioso, acogiéndose a la doble nacionalidad que poseía, retornó a la universidad de El Salvador donde encontró la muerte. Ignacio Ellacuría no hizo caso a las amenazas ni a las voces amigas que le recomendaban alejarse de las fronteras de El Salvador.
La presión internacional tras el asesinato forzó la creación de una comisión especial que finalizó con varios arrestos y dos condenados, el coronel Benavides y al teniente Yussi Mendoza. Sin embargo, nunca se sentado ante el banquillo el o los autores intelectuales. Las leyes de punto final de 1993 evitaron que los culpables materiales acabaran en la cárcel.
El caso se reabrió en 2009, cuando la Audiencia Nacional se declaró competente para investigarlo. Eloy Velasco ha solicitado la extradición de 17 militares, incluido el ex vice ministro de Defensa. Pero 27 años después del asesinato de Ignacio Ellacuría y los otros cinco religiososos, el gobierno y el parlamento de El Salvador se niegan a extraditarlos. Se amparan que es un asunto que queda bajo su estricta competencia.
El Vaticano tardó muchos días en reconocer el asesinato de monseñor Romero, aunque terminó por condenar el acto sin mencionar a los autores. Algo similar ocurrió tras el asesinato de los seis jesuitas. El nuevo Papa Francisco, decidió que Romero merece un sitio en los altares, pero ni Compañía de Jesús ni la iglesia española o salvadoreña han tomado ninguna iniciativa en este sentido en torno a Ellacuría y los otros sacerdotes asesinados, pero no mártires.